On dit que les Japonais ont commencé à boire du thé à la période Kamakura, au XIIe siècle.

Le moine Ei-Sai (栄西, fondateur de la branche du bouddhisme japonais Rinzai, 1141-1215) a écrit le premier œuvrage sur le procédé de la culture et les bienfaits du thé vert au début de l’époque Kamakura. D’après ce texte, les feuilles de thé étaient écrasées, puis on y versait de l’eau chaude par dessus avant de le boire : le procédé est similaire à celui du matcha cependant le traitement des feuilles étant différent, il était moins bon.

Ei-sai a envoyé les graines de thé à Myoé, un moine de Kyoto qui les a semé afin de créer le premier champ de thé au Japon. Petit à petit, boire du thé vert est devenu commun chez les moines ainsi que chez les samouraïs afin d’entretenir des relations sociales : ces derniers organisaient une sorte de « cérémonie du thé » pour montrer à leurs invités les accessoires de valeur provenant de Chine, nécessaires pour préparer le thé.

La région d’Uji à Kyoto était particulièrement propice à la culture du thé grâce à sa topographie et son climat et, la culture du thé vert y était encouragée par le Shogun Ahikaga (Uji est encore à l’heure actuelle connue pour la culture du thé). Le thé vert produit à Uji était déjà à cette époque d’excellente qualité.

A la fin du XVe siècle, le moine Murata Juko (1423-1502) a créé le Wabi-Cha (侘び茶), associant la cérémonie du thé qui accordait de l’importance sur les accessoires décorés et le bouddhisme zen : la cérémonie du thé est alors devenue très simple en y accordant de l’importance au calme. Cela permetait également d’apprécier les produits locaux. Cette philosophie a été relayée par Sen no Rikyu (1522-1591) qui a fait connaître la cérémonie du thé en la baptisant plus tard Cha no Yu (茶の湯). Sen no Rikyu a fait de la cérémonie du thé une culture indispensable à la vie des samouraïs.

A partir de l’époque d’Edo, tout le Japon a commencé à boire du thé : les feuilles séchées étaient bouillies pour faire du thé. En 1738, le producteur de thé Nagatani Soen (1681-1778) a découvert une nouvelle méthode pour préparer les feuilles de thé appelées Sen Cha (煎茶) : la méthode consiste à faire étuver les feuilles cueillies et les faire sécher en frottant. Les feuilles étant frottées avant le séchage, on pouvait obtenir un goût plus profond, un arôme plus frais et une couleur transparente. Cette nouvelle préparation s’est vite répandue dans tout le pays.

En 1835, le Sen Cha haut de gamme fait son apparition: le Gyoku-Ro (玉露) : au moment du bourgeonnement, le théier est ombragé. Cette technique produit davantage d’acides aminés tels que la théanine qui donne un meilleur goût au thé et supprime la production de catéchines provoquant un goût âpre. Comparé au Sen Cha, le Gyoku-Ro a une douceur plus prononcée et un arôme unique. Cette culture nécessitant beaucoup plus de temps que pour le Sen Cha, le Gyoku-Ro est considéré comme un produit luxueux.

Avec le développement du service de livraison, la culture du thé vert se répand vite et sa production devient une industrie importante dans le pays.
Après l’ouverture du pays à l’époque de Meiji, 20% des produits exportés vers les pays étrangers étaient le thé vert. Toutefois, avec l’apparition du thé noir d’Inde et de Ceylon, l’exportation a commencé à diminuer mais à l’inverse la consommation domestique a augmenté. Le thé vert est devenu alors une boisson indispensable à la vie quotidienne des Japonais.